《放学后少年花子君》围绕着校园传说展开。八寻宁宁是一个怀揣着恋爱心愿的女学生，为了实现愿望，她向校园七大不可思议之一的“厕所里的花子君”许愿。没想到，花子君真的出现了。花子君外表可爱俏皮，实则身份神秘，掌管着学校里诸多灵异之事。 此后，八寻宁宁被卷入了各种灵异事件中。她和花子君一起面对来捣乱的恶灵，在这个过程中，两人的关系逐渐升温。同时，学校里还有其他与七大不可思议相关的存在，比如司，他与花子君之间有着复杂的过往。随着故事推进，八寻宁宁不断成长，也慢慢揭开了花子君背后的秘密，他们在校园的各个角落，经历着惊险又温馨的冒险。