《碧蓝航线女王号令》围绕着碧蓝航线世界展开。在这个世界里，人类为了对抗强大的塞壬势力，组建了名为“碧蓝航线”的舰队联盟。游戏中的角色们以拟人化的舰娘形象登场，有着各自独特的性格与能力。 故事中，皇家舰队的核心舰娘伊丽莎白女王发布号令，带领皇家舰队的一众舰娘，如光辉、厌战等，参与到与塞壬的激烈战斗中。她们不仅要面对塞壬强大的火力攻击，还要在复杂的局势中做出战略决策。同时，舰娘们之间也有着深厚的情感羁绊，在战斗之余，她们会在港区里生活、交流，发生一系列温馨又有趣的故事，展现出不同于战斗时的可爱一面。